在1933年，西巴丹島被宣佈為鳥類保護區。
1970年代開始，很多菲律賓人移居至馬布島嶼附近，成為當地居民，靠捕魚為生。
一直以來，印尼及馬來西亞對於西巴丹島有領土爭議。在2002年末，國際法院裁定西巴丹島屬於馬來西亞。
2000年4月23日，21人遭菲律賓阿布沙耶夫的恐怖組織綁架，所有受害者最終安全獲釋。
自此之後，馬來西亞的軍隊負起了保護遊客的責任，大多數的島嶼都被禁止進入。
2004年末，所有西巴丹旅館都關閉了，並遷至馬布島。
2008年4月1日開始，沙巴公園的准證制度只允許每天進入120個潛水員。
