В 1933 году небольшой остров Сипадан был объявлен птичьим заповедником.
Соседний остров Мабул гостеприимно принимал переселенцев с Филиппин начиная с 70-х годов прошлого столетия. Здесь они занялись сельским хозяйством и рыбной ловлей.
В прошлом остров Сипадан был предметом территориальных разногласий между Индонезией и Малайзией. В конце 2002 года Международный Суд ООН определил принадлежность острова к Малайзии.
23 апреля 2000 года филиппинской террористической группировкой Абу Сайяфа был взят в заложники 21 человек. В конечном итоге все заложники были освобождены и никто не пострадал.
С того времени вооруженные силы Малайзии обеспечивают безопасность туристов, а большая часть острова объявлена закрытой зоной.
С конца 2004 года все курорты на острове Сипадан были закрыты и перенесены на остров Мабул.
С 1 апреля 2008 года администрация Парков Сабах разрешает погружение только 120 дайверам в день.
