L’ile de Sipadan est située à 35 km au sud de Semporna, une ville portuaire de la côte Sud-est de Sabah sur l’île de Bornéo.
Sipadan est située à 5° au nord de l’équateur dans la mer des Célèbes.
C’est une île océanique avec une élévation de 600 mètres au-dessus des fonds océaniques.
Coordonnées géographiques:
GPS Lat. 4° 7.168' N
GPS Long. 118° 37.789' E