La mayoría de los visitantes vuelan hasta Tawau y vienen en autobús, minivan o taxi desde las ciudades del norte de Sabah como Kota Kinabalu, Sandakan, Sukau y Lahad Datu.
Hay vuelos frecuentes (relativamente baratos) desde Kuala Lumpur a Tawau (2h45) y desde Kota Kinabalu (50 minutos).
Vuelos a Tawau
Una vez que llegas a Tawau, puedes continuar tu viaje en autobús, minivan o taxi hasta la cuidad portuaria de Semporna (1h30).
Desde Semporna, puedes ir en barco hasta tu alojamiento en la Mabul island (30 minutos) o por la mañana ir directamente a Sipadan (1 hora en lancha rápida)
Vuelos desde Tawau:
Permisos para Sipadan
Para preservar la isla, existe un nuevo sistema de permisos para limitar el numero máximo de buceadores a 120 por día.
Es recomendable reservar el permiso para Sipadan con antelación ya que solo unos pocos afortunados pueden llegar a bucear en Sipadan, sobre todo en temporada alta.
Desde el 1 de Enero de 2005, no hay complejos turisticos en Sipadan, todos fueron trasladados a Mabul y Kapalai.
La mayoría de las playas son zonas prohibidas debido a la presencia militar.
La isla de Sipadan está abierta a buceadores y visitantes de 6am a 4pm.