在1933年，西巴丹岛被宣布为鸟类保护区。
1970年代开始，很多菲律宾人移居至马布岛屿附近，成为当地居民，靠捕鱼为生。
一直以来，印尼及马来西亚对于西巴丹岛有领土争议。在2002年末，国际法院裁定西巴丹岛属于马来西亚。
2000年4月23日，21人遭菲律宾阿布沙耶夫的恐怖组织绑架，所有受害者最终安全获释。
自此之后，马来西亚的军队负起了保护游客的责任，大多数的岛屿都被禁止进入。
2004年末，所有西巴丹旅馆都关闭了，并迁至马布岛。
2008年4月1日开始，沙巴公园的准证制度只允许每天进入120个潜水员。
